[빅데이터뉴스 김다경 기자] SK그룹의 지주사인 SK㈜가 벤처기업 인수 과정에서 낸 수백억 원대의 세금을 돌려달라며 낸 소송 1심에서 패소하자 이에 불복해 항소했다. 법원은 기업에 직접 자금을 수혈하는 유상증자 방식은 세액공제 혜택을 줄 수 없다고 판결했다.

12일 업계에 따르면 SK㈜는 서울행정법원에 상소장을 제출했다. 앞서 서울행정법원 제5부는 SK㈜가 종로세무서를 상대로 낸 법인세 경정거부처분 취소 소송에서 원고 기각 판결을 내린 바 있다. 소송은 SK㈜가 벤처기업을 인수하며 지출한 신주 인수 대금이 ‘기술혁신형 주식취득 세액공제’ 대상인지가 핵심 쟁점이었다.
지난 2021년 SK㈜는 미국 초급속 충전기 시장 점유율 1위였던 시그넷이브이(현 SK시그넷)의 경영권을 확보하기 위해 총 2932억원을 투자했다. 이 과정에서 기존 최대주주로부터 구주를 810억원에 매수하고 동시에 회사가 발행한 신주(유상증자)를 2122억원에 인수하며 지분 53.4%를 확보했다.

SK 측은 "제3자 배정 방식의 신주 인수는 기존 주주에게 주식을 사오는 것과 경제적 실질이 동일하다"며 신주 대금에 대해서도 10% 세액공제를 적용해달라고 총 267억원의 경정청구를 냈으나 거부당하자 소송을 제기했다.

재판부는 “해당 제도의 목적은 창업주 등 기존 주주가 투자자금을 회수하고 이를 다른 벤처에 재투자하도록 유도하는 것”이라며 “대금이 회사 금고로 직접 들어가는 신주 인수는 이 같은 입법 목적과 부합하지 않는다”고 판시했다.

특히 법원은 유상증자를 통한 주식 취득은 이미 ‘벤처기업 출자 세액공제(제13조의2)’라는 별도의 특례 제도가 존재한다는 점을 분명히 했다. 신주 인수는 해당 조항의 적용 대상일 뿐 주식 매매를 전제로 한 기술혁신형 세액공제 대상은 아니라는 설명이다.
SK㈜는 이 같은 1심 판결에 불복해 지난달 6일 항소장을 제출했다.

김다경 빅데이터뉴스 기자 dk@thebigdata.co.kr